Кафедра гидрогеологии и инженерной геологии была основана в 1972 году по постановлению Совета Министров Республики Таджикистан и Министерства образования РТ. Кафедра выпускает кадров по специальности 51010103 – гидрогеология и инженерная геология на очном и заочном отделениях. Впервые кафедрой руководил А. Н. Мамонтов (1972-1976), в дальнейшем руководили Г. П. Крейденков (1976-1983), А. Н. Мамонтов (1983-1990), И. Р. Хасанов (2003-2008).
Для подготовки будущих специалистов и проведения лекционных занятий в различные годы были приглашены кандидаты наук и доценты Ю. М. Казаков, Т. А. Сафронов, О. Т. Тулобоев, Н. И. Саксонова, Х. К. Куддусов (1985-1998).
С февраля 2011 года до сегодняшнего времени руководство кафедрой выполняет к. г. м. н. доцент Гайратов М. Т.
В 1987 – ом году для совмещения процесса обучения с производством, был основан филиал кафедры при Научно – Исследовательском и производственным институтом «ТаджикГИИНТИЗ». Выдающиеся специалисты этого института для студентов 3 – 4 курсов проводили занятия. Темой научно-исследовательских работ кафедры являются «Неотектоника, гидрогеология и инженерная геология Центрального Таджикистана, Таджикской депрессии Памира», научным руководителем которых является доктор технических наук Комилов О. К.
Кафедра на сегодняшний день имеет договора и сотрудничество с такими отраслевыми предприятиями как Главное управление геологии при Правительстве Республики Таджикистан, ОАО – ГИИНТИЗ, Министерство энергетики и водных ресурсов Республики Таджикистан, Южная гидрогеологическая экспедиция и т. д.
В настоящее время на кафедре работают два доктора наук Комилов. О. К., Валиев Ш. Ф., доценты Оймухамадов И. С., Гадоев М. Л., Шарифов Г. В., Андамов Р. Ш., Гайратов М. Т., старшие преподаватели Мухиддинов Ф. А., Давлатов Ф. С., Гуломов М. Н., ассистент Сайфуллоева К. Г. и лабаранты Чилаева С. Х., Махмадёрова Ш. М., аспиранты, соискатели, магистры, доктора PhD.
аспиранты: Шоназаров Б. Б., Гулов З. Ч., Абдуллов Ч.Д., Муродов Ч. С., Гуломов М. Н., Наимов Х. Н., Саидов С. М., Каримов А. М., Файзуллоев Ш. А. соискатели: Каримов А. А. доктора PhD: Назаров Ч. О., Розиков Б. П. на очном и заочном отделении аспирантуры и докторантуры Университета (руководители – профессор Комилов О. К. и и. о. профессора Валиев Ш.Ф., доценты Гайратов М. Т., Оймухамадзода И. С., Гадоев М. Л.) продолжают свою учёбу.